Иногда при обновлении ОС Linux и установки программ с помощью пакетного менеджера dnf/yum появляется ошибка:
ошибка: rpmdb: BDB0113 Thread/process 1584888/140150107134848 failed: BDB1507 Thread died in Berkeley DB library
ошибка: db5 ошибка(-30973) из dbenv->failchk: BDB0087 DB_RUNRECOVERY: Fatal error, run database recovery
ошибка: cannot open Packages index using db5 — (-30973)
ошибка: не могу открыть базу данных Packages в /var/lib/rpm
Ошибка: Error: rpmdb open failed
Это означает, что база данных RPM повреждена. Одна из причин, что при установки или обновлении через пакетный менеджер произошел обрыв связи.
Решение проблемы Yum Error: rpmdb open failed
Сначала выполним резервное копирование имеющейся базы данных dnf/yum:
mkdir /var/lib/rpm/backup
cp -a /var/lib/rpm/__db* /var/lib/rpm/backup/
После этого удаляем поврежденную rpmdb:
rm -f /var/lib/rpm/__db.[0-9][0-9]*
Запускаем восстановление базы данных RPM:
rpm --quiet -qa
rpm --rebuilddb
yum clean all
yum makecache
После указанных действий можете повторять обновление ОС или установку ПО.